Röviden a filmről:
A második rész a NERV sarkvidéki bázisán, a Bethany Base-en kezdődik.
Rögtön az anime elején megismerhetjük az új szereplőt,
Makinami Mari Illustrious-t, az új EVA UNIT-05 pilótáját,
aki a bázis alatt harcol a Harmadik Angyal ellen.
Eközben Japánban Ikari Shinji édesanyja sírját látogatja meg apjával.
Útközben hazafelé Misatóval értesülnek a Hetedik Angyal támadásáról,
miközben a UNIT-02 légi úton megérkezik Németországból,
és rögvest felveszi a harcot az Angyallal. Pilótája a Second Children,
Shikinami Asuka Langley százados. Vele egyidőben Ryoji Kaji is megérkezik Japánba,
hogy kézbesítsen egy csomagot Ikari Gendo-nak. Mikor Shinji később hazaér, kiderül,
hogy Asuka is Misato lakásában fog lakni velük együtt.
Az új pilóta kezdetben nehezen illeszkedik be a csapatba önfejűsége
és mérhetetlen önbizalma miatt, de mikor a Nyolcadik Angyal is megérkezik,
a három EVA pilótának, Reinek,
Asukának és Shinjinek egyesült erővel kell szembeszállnia vele.
Közben Gendo és Fuyutsuki ellátogatnak a Holdon lévő Tagbha Base-re,
hogy megszemléljék az EVA Mark. 6-os építését.
A film közepén pedig Mari is felbukkan, hogy teljesítse titkos feladatát.